Acabo de caer en la cuenta de que el sistema es de vacío, así que la cosa no será tan critica, ya que el filtro imagino que será de salida. Eso supone que va constituir muy poco problema el que el filtro no exista.
Puedes vaciarlo, si quieres y poner un poco de algodón que haga las veces para que no entre nada dentro pero como ya te ha dicho el mecánico, no creo que suponga ningún problema anularlo.
